Windows 98第三版（常被误称为“Windows 98 SE”的后续版本）实际并不存在，微软官方仅发布了Windows 98第二版（Second Edition，简称SE）作为该系列的最终升级。第二版于1999年推出，新增了IE 5、NetMeeting 3等组件，改进了USB驱动和网络功能。若提及虚构的“第三版”，可能是混淆了民间修改版或第三方优化系统，此类版本通常整合了补丁或增强工具，但非微软官方产品。Windows 98系列最终被Windows ME和2000取代，标志着9x内核系统的终结。